ZOOM Lite

Kuvaus

ZOOM Lite on seuraavan sukupolven sekvensointitietojen kartoitus- ja visualisointiohjelmisto. Käyttäjät syöttävät referenssigenomit ja Illumina/Solexa-lyhytlukutiedostot tai AB SOLiD -väriavaruus lukee tiedostoja eri muodoissa, kuten * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta jne. ZOOM antaa näiden lyhyiden kartoitustulokset lukee viitesekvenssin. ZOOM Lite -laitteessa on nopea ja tarkka kartoitusydin, joka perustuu äskettäin suunniteltuun monivälitteiseen siementen teoriaan. Sekä yhden pään että pariliitoksen lukemia, joiden pituus on 15–240 bp, voidaan käsitellä. Mikä tahansa määrä ristiriitoja ja yksi eripituinen lisäys/poisto lukun ja sen kohdealueen välillä referenssisekvenssissä on sallittu. Kunkin lukun yksilöllisesti kartoitetut tulokset tai parhaat (parhaat N) tulokset raportoidaan minimaalisten ristiriitaisuuksien ja indelin pituuden mukaan. Laatupisteitä käytetään kartoituksen tarkkuuden parantamiseen. Kartoitavan ytimen perusteella ZOOM Lite antaa käyttäjille mahdollisuuden ladata paikallisia lukutietoja ja viitesekvenssitietoja, valita oikeat parametrit, käsitellä suuren määrän tietoja samanaikaisesti jopa neljän suorittimen kesken, seurata käynnissä olevia tehtäviä, tallentaa kartoitustuloksia, tarkastella kaavioita kartoitustulokset ja ulostulokartoitustulokset joko * .BED- tai * .GFF-tiedostomuodossa jatkokyselyä varten UCSC-selaimen raidatiedoilla. Kartoitustuloksia voidaan tarkastella missä tahansa halutussa mittakaavassa lukusyvyyskaaviosta koko kromosomissa yksityiskohtaisiin sekvenssirivistyksiin lukemien ja referenssisekvenssin välillä. Käyttäjät voivat siirtyä helposti kiinnostaville alueille napsauttamalla ja vetämällä tai vierittämällä. ZOOM Lite on johdannainen ZOOM Studio -ohjelmistosta.