RAPTOR

Kuvaus

RAPTOR on innovatiivinen ohjelmisto, joka on suunniteltu tarkkaan proteiinirakenteen ennustamiseen. Se yhdistää edistyneet analyysityökalut yhdeksi integroiduksi ohjelmistoratkaisuksi ja tarjoaa kolme erilaista ketjutusmenetelmää. RAPTORin ainutlaatuinen kokonaislukuohjelmoinnin optimointimenetelmä on tehokkain löydettäessä matalan sekvenssin homologian kohteiden rakennemalleja ja pystyy tuottamaan korkealaatuisia malleja. Helppokäyttöinen käyttöliittymä ja helposti ymmärrettävät E-arvot ovat ihanteellisia aloittelijoille ja asiantuntijoille. Ennen kaikkea tuotoksen intuitiivinen näyttö antaa käyttäjille mahdollisuuden ymmärtää tuloksia yksinkertaisesti yhdellä silmäyksellä. Kohdeproteiinisekvenssin perusteella, jos on homologista proteiinia, jolla on tunnettu 3D-rakenne, se voidaan löytää käyttämällä sekvenssinhakutyökaluja, kuten PSI-BLAST, myös RAPTOR. Kohteen rakenne rakennetaan sitten tunnetusta rakenteesta; Kuitenkin, kun sekvenssihomologia ei ole merkittävää, ts. alle 25%, PSI-BLAST ei pysty tuottamaan itsevarmaa osumaa. Toisin kuin PSI-BLAST, joka yksinkertaisesti tekee sekvenssin etsinnän, proteiinilanka, taittotunnistus käyttää sekä homologiaa että rakennetietoa. Se skannaa tuntemattoman rakenteen sisältävän proteiinisekvenssin tunnettujen rakenteiden tietokantaa vastaan. Käyttämällä pisteytysfunktiota ja suorittamalla yhteensopivuusanalyysi kolmiulotteisten rakenteiden ja lineaaristen proteiinisekvenssien välillä, tunnistetaan paras rakennemalli, josta sekvenssin rakenne voidaan rakentaa. Tämän seurauksena proteiinilangoitus antaa paremman ennusteen kuin homologiamallinnus, kun sekvenssihomologia on marginaali.