Pedimap

Kuvaus

Pedimap on työkalu, jolla tutkitaan ja visualisoidaan fenotyyppien ja alleelien virtaa (havaittu tai perustuu Identity-by-Descent -laskelmiin) sukutaulujen kautta. Siinä on työkalut sukutaulun osien manuaaliseen ja automaattiseen valintaan perustuen kriteereihin, kuten esivanhemmat ja/tai jälkeläiset tiettyyn määrään sukupolvia, emon, isän tai molempien linjojen, sisarusten jne. mukaan. Jokaiselle valinnalle voidaan valita useita näkymiä. luotu näyttämään eri kytkentäryhmiä, fenotyyppisiä piirteitä jne. Kun näkymä on luotu yhdelle valinnalle, se voidaan luoda automaattisesti uudelleen mille tahansa muulle valinnalle. Pedimap voi käsitellä sekä numeerisia että tekstillisiä fenotyyppipisteitä, sekä polyploideja että diploideja. Geneettinen tieto voidaan näyttää geneettisten linkityskarttojen mukaan, mistä johtuu nimi.